Langt hovedparten af skovene er statsskove, som forvaltes af Naturstyrelsen Nordsjælland og – for Kirkelte Hegns vedkommende – af Naturstyrelsen Østsjælland. Statsskovene i Fredensborg Kommune indbefatter Grønholt Hegn, Gl. Grønholt Vang, Danstrup Hegn, Kirkelte Hegn, Endrup Hegn, Knurrenborg Vang, Stasevang, Laveskov, Dageløkke Skov, Krogerupskovene, Holmeskov, Kalvehave, Kirkeskov, Hejreskov og Babylone Skov.

Naturstyrelsens lokale enheder har nedsat brugerråd, hvor kommunerne, DN og andre lokale interessenter er repræsenteret og således har mulighed for at få indflydelse på driften.

Der findes også enkelte privatejede skove fx skoven bag Nivå Kirke og skoven ved Auderød. Kommunen ejer kun små stykker fredskov, den største er Jellerød Skov ved Kokkedal Station.
Kommunen har udpeget fire områder i kommunen til skovrejsning: det nye skovområde syd for Dageløkke, arealer vest for Langstrup Mose samt nord og vest for Toelt.

Drift af statens skove i Fredensborg Kommune
Inden for rammerne af Skovloven  beskriver Det Nationale Skovprogram fra 2014, hvordan de danske skove skal udvikle sig i fremtiden. Programmet gælder for alle skove i Danmark, både de offentlige og de privatejede og lægger vægt på også at have urørt skov og den naturnære skovdyrkning. Det er driftsplanen fra Naturstyrelsen Nordsjælland, der angiver, hvordan statsskovsarealerne i Fredensborg Kommune drives og plejes bortset fra Kirkelte Hegn som hører under Naturstyrelsen Østsjælland.

Driftsplanen kommer altid i høring, og DN Fredensborg afgiver høringssvar. Driftsplanen beskriver, hvordan styrelsens skove og naturarealer skal drives og plejes. Planen gælder for 15 år ad gangen, med revideringer en til to gange i perioden. Driftsplanen for Nordsjælland gælder til 2029.

Urørt skov og naturnær skovdyrkning

For statsskoven i Danmark spiller udlægning af urørt skov, naturnær skovdrift og fremmelse af naturlig hydrolog allerede en vigtig rolle.
 
Skoven er den naturtype i Danmark, som har flest arter af dyr og planter. Det skyldes blandt andet, at skove - udover sluttede skovbevoksninger -  kan indeholde mange forskellige naturtyper og levesteder, fx skovbryn, skovmoser, ellesumpe, kratskov og lyse skovoverdrev. Vi har brug for biologisk varierede skove af mange grunde, bl.a. fordi en mangfoldighed gør skovøkosystemet robust og tilpasningsdygtigt fremover.

Når skoven henligger som urørt skov, vil den med tiden kunne ligne oprindelig urskov, der ofte indeholder næsten lige så meget dødt som levende træ. Det er til glæde for blandt andet hulrugende fugle, idet der i urskov findes dobbelt så mange hulrugende fugle som i en forstligt drevet dansk skov i dag. Flere døde træer vil blive efterladt til glæde for fugle - både når træerne er levende, og når de er døde. 

Gamle træer i skove og også i parker og på åbne marker eller i haver er magneter for en mangfoldighed af liv. Kæmpetræer er fascinerende og smukke, og for naturen er de gamle træer bolig og forrådskammer for en rigdom af insekter, svampe, mosser, larver og fugle – både når træerne er levende, og når de er døde.

Det overordnede formål med den naturnære skovdrift er at integrere de forskellige økologiske, miljømæssige og sociale hensyn i skovdriften under hensyntagen til skovbrugets økonomiske indtjeningsevne. "Rene" bevoksnlnger med med kun én træart vil med årene blive erstattet med blandede bevoksninger med flere træarter. Plantning vil i vidt omfang blive afløst af selvsåning. Der vil komme flere lysninger med døde træer i skovene og der vil igen blive plads til græssende husdyr og høslæt-enge.

DN foreslår:

  • mere urørt skov i statsskoven.
  • den naturnære drift styres stramt
  • retablering af naturlig hydrologi. (Retablering af naturlig hydrologi eller anlæg af klimatilpasningsprojekter i Stasevang vil muligvis kunne kollidere med §3 beskyttet natur)
  • skovbunden skal gøres mere våd ved at lukke drængrøfter
  • skoven kan visse steder drives ved plukhugst, som græsningsskov eller som stævningsskov. Stævningsskov er en driftsform, hvor træerne efter nedskæring igen skyder fra stubben.
  • vandstanden i Lygtemosen i Grønholt Vang skal ikke hæves, da det vil være en trussel for botaniske værdier på Skovfogedengen, som DN passer med høslet som en enklave i et større område med urørt skov.
  • nåleskovens flora og fauna må ikke sættes over styr, og skovene skal have udlagt skovudviklingstyper med rødgran. Bøgeudlægninger kan indeholde op til 10% nåletræ som spredt indblanding.
  • den kommunale skov mellem Lykkemosen og Lykkemosevej får lov til at henligge som urørt skov i fint samspil med Lykkemosen, der  er genetableret som åben mose. I den sydlige ende af skovområdet fandtes tidligere et vådområde, som nu synes udtørret, og som desuden er truet af henkastning af haveaffald. Vandstanden bør her hæves
  • de kommunale skovarealer gennemgås med henblik på udarbejdelse af plejeplaner.
  • de to sletteområder i Dageløkke Skov og den landbrugsjord ved Krogerup, der planlægges taget ud af drift ad naturlig vej skal have mulighed for at udvikle sig til overdrev med den flora, der selv indfinder sig.
  • stejlepladser og strandarealer fastholdes som lysåbne arealer og at invasive arter skal fortsat bekæmpes. Indsatsen ønskes dog udvidet til fjernelse af afslået materiale og fjernelse af forvildede haveplanter.